一部份的寶可夢與現實生物有相似性，而一部份則是包括無生命的物體[12]。製作人增田順一和設計師海野隆雄表示，寶可夢的設計靈感來源可以是任何東西，世界各地的動物與文化都為《寶可夢》系列注入了無數的靈感[13]。相較於第二世代及之後，第一世代的設計更為簡單[12]。但在2013年發布《X·Y》後，杉森建希望下一代的設計能回到最初的根源。[14]

最初，所有的寶可夢都是由田尻智的摯友杉森建及他率領的小團隊所設計的。到2013年時，一支由20位藝術家組成的團隊共同設計這些寶可夢，而五名委員則決定哪一些設計可以採用、哪一些則剔除，最後由杉森建和吉田宏信定稿。[15][16]。吉田宏信表示，被剔除的寶可夢數量是被採納數量的五到十倍[16]。除此之外、杉森建負責所有遊戲所需的官方美術圖[15]。在少數情況下，先前剔除的設計會在之後的世代中被採納[17]。每一次世代更迭時，都會更動一部份的寶可夢設計。[12]

在2009年接受GamesRadar採訪時，增田順一指出，簡單的寶可夢需要花六個月的時間來設計，而在遊戲中扮演重要角色的寶可夢（例如初學者寶可夢）則需耗時一年。增田順一補充「我們希望設計師在設計時享有更大的自由，所以我們不會說『我們想要這種寶可夢』來限縮他們的想像力，而是盡可能地讓他們自由發揮，然後再送到製作人那裡決定去留。」[5]

在設計時，會考慮該寶可夢所生活的環境。增田表示每一個設計都有其合理之處[18]。在一些例子中，會先設計寶可夢的足跡、之後才按照足跡設計寶可夢[19]。屬性則不一定，有些寶可夢是在設計好之後決定屬性，有些設計則是按照特定屬性而生。[20]

增田認為初學者寶可夢是最為重要的，而吉田更表示它們是「該世代的門面」、「它們應該被放在包裝上」[16]。每一世代的三個初學者寶可夢都分別是草、火和水屬性，增田認為、這能讓新玩家最容易理解。[20]

第一世代

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《寶可夢 紅·綠》的開發歷時六年（1989~1995），1996年2月在日本發行[21]。第一世代的這151個寶可夢，都有著相對簡單的設計，且與現實生物非常類似，包括但不限於波波（類似鴿子）、拉達（類似老鼠）、阿柏蛇（類似蛇）和小海獅（類似海獅）。這一代裡有許多寶可夢的設計是後續系列中重複概念的基礎。[12]

第二世代

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第二世代新增100只宝可梦，延续了第一世代的简单设计，值得一提的是日版与美版的其中四只版本限定宝可梦恰好相反。（在日版中，小小象与顿甲是金版限定，熊宝宝与圈圈熊是银版限定。美版则相反）

此代拥有五只传说宝可梦（炎帝、雷公、水君、洛奇亚、凤王）与一只幻之宝可梦（时拉比）。

其中，金版的封面宝可梦凤王的设计有可能参考了呼玛鸟、不死鸟与中国神话中的凤凰。

第三世代

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第三世代新增135個新寶可夢，幾乎與前兩個世代無關，此外還有八個傳說中的寶可夢，比以前都更多[22]。雖然第三世代裡有許多寶可夢因為造形與前代有著設計上的區別而遭受批評，但也新增了很多新穎的第一屬性與第二屬性組合。[23]

第四世代

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第五世代

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第五世代新增156只宝可梦。

其中，幻之宝可梦比克提尼在合众的本地图鉴编号是000，同时也是第一例排在本地图鉴第一位的幻之宝可梦。（之前的四世代游戏中，幻之宝可梦均排在本地地区图鉴的最后一位）

在這一世代裡最先被設計出來的寶可夢是泥偶小人和泥偶巨人，由美國設計師設計。

合众地区的始祖大鸟是目前为止唯一一只全国图鉴编号与其种族值总和相同的宝可梦。（都为567）

[24]

第六世代

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增田順一表示，《寶可夢 X·Y》裡的主題之一是美麗[18]。而增田認為法國是一個絕佳場所，因此在2011年率領團隊前往該國取材[25]。在確認遊戲的故事背景將設定在基於法國而設計的卡洛斯地區後，加入了許多與歐洲文化相關的設計[26]。例如三個傳說中的寶可夢哲爾尼亞斯、伊裴爾塔爾和基格爾德是基於北歐神話。[27]除此之外、這一代的寶可夢也有更高的獨創性。[17]

由於遊戲從2D變成了3D，也因此需要有更大的開發團隊負責整個開發過程。包括本地化團隊在內，人數超過五百人。[28]

第七世代

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《精靈寶可夢 太陽／月亮》的背景是基於夏威夷的阿羅拉地區，因此新增的寶可夢中、有許多與熱帶地區和夏威夷族相關的設計。

第八世代

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2019年6月12日，在E3展上的連線直播「Treehouse Live」上宣布该世代的《劍盾》將不會收錄過去的全部寶可夢，只有經過篩選的才會出現在本作上，[29]造成全球粉絲不滿且大量對該影片洗負評，在之後電玩媒體對本作製作人的專訪中更是直指「只出現經篩選的寶可夢」此一方針將延續到未來的作品中，不會出現全國圖鑑，並且超級進化、Z招式也不會出現。事後，其直播節目成為了當屆E3展Youtube負評率最高影片[30]。

第九世代

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